十六大以来，在税收制度改革方面，随着改革开放的深入和经济社会形势的变化，按照党的十六届三中全会提出的“分步实施税收制度改革”的任务和 “简税制、宽税基、低税率、严征管”的改革原则，主要的改革内容是：改革出口退税制度；统一各企业税收制度；增值税由生产型改为消费型，将设备投资纳入增值税抵扣范围；完善消费税，适当扩大税基；改进个人所得税，实行综合和分类相结合的个人所得税制；实施城镇建设税费改革，条件具备时对不动产开征统一规范的物业税，相应取消有关收费；在统一税法的前提下，赋予地方适当的税收管理权；创造条件逐步实现城乡税制统一。相对于1994年全面、大动作的税制改革，新一轮的税制改革是结构性、渐进式的调整。

　　从具体的税改安排和进展看，一是农村税费改革全面转向农村综合改革阶段。2004年，财政在改革粮食流通体制中对种粮农民实行直接补贴，并全面取消了除烟叶外的农业特产税；2005年，全面取消牧业税，592个国家扶贫开发工作重点县全部免征了农业税；2006年，在全国范围内取消农业税，彻底改变了两千年来中国农民因从事种植业而交纳“皇粮国税”的历史，国家与农民的分配关系发生根本性变革；从2006年起，农村税费改革步入了以乡镇机构改革、农村义务教育体制改革、县乡财政管理体制等各项配套改革为主要内容的农村综合改革的新阶段；2007年全面推开农村义务教育经费保障新机制，在全国农村普遍实行免除义务教育学杂费，将义务教育全面纳入了公共财政保障体系。

　　二是增值税转型稳步推进。2004年9月，增值税转型改革以东北地区8大行业试点为开端，正式拉开了序幕，2007年决定在中部20多个工业城市扩大推进增值税转型改革试点，并研究在全国范围内的实施方案于2009年之后推开。

　　三是所得税改革迈出新步伐。企业所得税方面取得重大改革进展，从2008年1月1日起，内、外资企业所得税法实现两法合并，结束了我国沿用十多年的内外资企业执行两套税法的“双轨”时代。个人所得税方面，从2006年1月1日起，个人所得税工资、薪金所得费用扣除标准，从800元调整到1600元，2008年3月1日起进一步调整为2000元，2011年再次提高为3500元，并同时调整了超额累进的税率、级距、级次设计。

　　四是研究实施有利于节约资源能源和开发新能源的财税政策，积极调整和完善资源税政策。2010年下半年，由新疆起步实施原油、天然气资源税由从量征收改为从价征收的改革，在分步推进后，2011年这一改革在区域覆盖面上已扩及全国，2012年后将扩大其品种覆盖面。

　　五是在住房保有环节税收的改革方面，于2011年启动了上海、重庆两地的房产税试点，将在取得经验后适时扩大改革试点范围。这一改革是密切关联地方税体系建设、房地产业长期健康发展和优化收入分配、财产配置机制的重要制度建设。

　　六是实施营业税改增值税的改革。2012年1月起上海率先实施了“营改增”的改革试点，2012年8月之后，全国将有十个左右省市陆续跟进。这一改革旨在消除营业税的重复征税因素，从而激励引导原被营业税覆盖的市场主体改变“小而全”、“大而全”倾向，发挥能力、潜力实现专业化细分，在减轻实际税负的同时形成升级换代的经济激励，进而提振消费、扩大内需和优化产业结构。

　　七是在2009年应对世界金融危机的宏观调控中大力实施结构性减税，在关税环节有选择地降低税负，对中小企业实施所得税减半征收，2011年下半年推出把小微企业简易征税办法中的“起征点”由最高5000元提高到最高20000元。这些措施成为“反周期”调控、改善企业经营环境和改善民生的积极手段。

　　八是在税收征管方面，2004年新《税收征管法》及其《实施细则》等一批法规相继颁布实施，使税收征管力度加强，规范性提高，促进了税收收入的持续大幅度增长。